La formation en Master Histoire est inscrite en cohérence avec la Licence Histoire dont elle constitue le prolongement logique. Les enseignements sont répartis entre les 4 périodes (Antiquité, Moyen Âge, époques Moderne et Contemporaine). Les sujets de mémoire et les enseignements s’articulent autour des axes de recherche de ces deux laboratoires pluridisciplinaires LIR3S- UMR 7366 et ARTEHIS-UMR 6298 de l’université de Bourgogne. Elle est destinée à approfondir les méthodologies de la recherche en histoire, de l’Antiquité à nos jours, à la fois par la confrontation des savoirs dans le cadre de démarches pluridisciplinaires, et par des traitements spécifiques des approches thématiques, notamment en histoire sociale, en histoire politique, en histoire culturelle et en anthropologie historique. La formation donne une ouverture à la préparation aux métiers de l’enseignement, de la culture et du patrimoine et au doctorat en histoire. Elle ouvre aux 3 Parcours de M2 Histoire : « Recherche », « Histoire Publique » et « Archives ».

En Master 1, les compétences acquises à l’issue de la formation sont : savoir rassembler une documentation importante, rédiger une étude de plusieurs dizaines de pages à partir d’elle, en exposer publiquement les résultats, s’insérer dans une équipe de travail en particulier dans la recherche, faire preuve d’initiative et d’esprit critique. L’étudiant(e) possédera des connaissances étendues et de niveau bac + 4 en histoire.

En Master 2, les compétences acquises à l’issue de la formation sont : approfondir la connaissance des principaux enjeux épistémologiques et historiographiques de la discipline historique, construire un corpus documentaire complet en lien avec à la problématique de recherche définie, réunir une bibliographie adaptée (nationale et internationale), rédiger un mémoire de recherche structuré, informé qui réponde à la problématique de recherche définie (100 à 150 pages minimum), exposer à l’oral les principaux résultats de sa recherche et maîtriser les supports de présentation de l’exercice oral.

Depuis septembre 2024, les Masters 2 Archives et Histoire Publique du département d'Histoire sont ouvert à l'alternance.